La población pasó a formar parte del reino castellano a raíz de su conquista en 1247 por las tropas de Fernando III. Mientras los reyes cristianos se dedicaban a avecindar en la capital una población nueva, adjudicándoles las casas y haciendas de los musulmanes, eximiendo de tributos y volviendo a hacer una Sevilla populosa y fuerte, Aznalcóllar y los pueblos de su entorno comenzaban un lento caminar para asentar en sus tierras nuevos pobladores. De la Edad Media se conservan los restos de una fortificación islámica, en la parte elevada de la población. La presencia del castillo está íntimamente ligado al problema del bandolerismo de la zona: el amurallamiento de la villa serviría en época cristiana para proteger contra quienes atentaban al libre tránsito de personas o caminantes; los usuarios de estos caminos o calzadas harían alto en su descenso de la sierra en el castillo, el cual ejercería un control fiscal materializado en el cobro de diezmos o rentas de paso de mercancías y ganado.
Entre los siglos XV y XVII la estructura de la propiedad del suelo siguió conservando las mismas características que en la época medieval y, en esta época, los integrantes del Concejo de Aznalcóllar eran nombrados por regidores que tenían su sede en la ciudad hispalense, pues existía una dependencia jurisdiccional del Cabildo de dicha ciudad. Esta dependencia continuó observándose a lo largo de toda la modernidad, sobre todo en el aspecto legislativo, económico o bien judicial.
Aznalcóllar siguió manteniendo su estructura hasta los grandes cambios producidos en el siglo XIX. Aznalcóllar comienza a alejarse cada vez más del progreso, máxime cuando Carlos III crea numerosas poblaciones nuevas en Sierra Morena, asentando un nuevo Camino Real desde Madrid a Sevilla, por Despeñaperros, desplazando a la tradicional ruta extremeña “Vía de la Plata”, junto a la cual se asienta Aznalcóllar.Tras la restauración de Fernando VII, se produjo una violenta reacción política. Aznalcóllar, lejos de los centros industriales y de decisión política, seguiría sumida en su dinámica agraria y minera.