Tras la conquista del valle del Guadalquivir por Fernando III a mediados del s. XIII, el monarca otorga ésta y otras villas a la orden de San Juan del Hospital de Jerusalén, en recompensa por su colaboración en la campaña. La orden repobló toda la zona durante la segunda mitad de dicha centuria.En el siglo XIV, Alfonso XI concedió a Luís Portocarrero el señorío de Hornachuelos, Peñaflor, Posadas y Santaella. Felipe IV vende estas tierras en el siglo XVII a Rodrigo Cañaveral y Cárdenas, quien la vendería a su vez a la marquesa de Almenara. Ësta la cede a Antonio Hiniestrosa, luego marqués de Peñaflor.En el siglo XIX, abolidos los señoríos, dependió jurídicamente de Palma del Río, incluyéndose en la provincia de Córdoba, hasta que en 1814 pasa a formar parte de la provincia de Sevilla.La Constitución de 1812 pone fin al sistema concejil y da paso al Ayuntamiento Constitucional, aunque este cambio no será efectivo hasta la proclamación del Estatuto Real de 1834, tras el breve paréntesis iniciado en 1820 con el pronunciamiento de Riego. En el nuevo sistema, el único alcalde es elegido mediante sufragio directo y restringido.Su población oficial en la actualidad es de 3.930 hs.

Los primeros asentamientos humanos en estas tierras se remontan a los lejanos tiempos de los celtas, que se establecen en un lugar denominado Iporci. Los romanos también dejan su impronta, existiendo numerosos restos que así lo atestiguan, el más importante de los cuales es el puente de piedra sobre el río Galindón, reformado en la Edad Media. Según algunos autores, los romanos fundan sobre el mismo asentamiento anterior la ciudad de Fortuumade o Fortunales, enclavada en terrenos de alto valor estratégico. Otros expertos defienden la existencia en este lugar de la ciudad de Hiporcia, atravesada por la calzada romana que enlazaba Hispalis con Augusta Emerita. Tras el oscuro paso de los visigodos, los árabes son los artífices del progreso local gracias a la explotación de sus minas de plata. También construyen una gran fortaleza, cuyos restos (una de sus torres) aún permanecen en pie. La zona pasa a poder cristiano en el siglo XIII.

En 1594 formaba parte del reino de Sevilla en la Sierra Norte de Sevilla y contaba con 97 vecinos.

Es importante destacar Fray Diego de San Nicolás, santo para la Iglesia católica, más conocido como San Diego de Alcalá. Vistió el hábito franciscano, como hermano lego en la Orden de los Frailes Menores de la Observancia. Fue misionero en Canarias donde llegó a ocupar el puesto de guardián del convento. Fue canonizado por el papa Sixto V en 1588 en la única canonización realizada por la Iglesia católica durante el siglo XVI, ya a finales del mismo. Es considerado patrono de los Hermanos legos franciscanos (no clérigos) por haber sido el primer hermano lego canonizado en la Orden. Su celebración tiene lugar el 13 de noviembre.

Al hablar de la historia de Villanueva del Río y Minas lo primero que debemos destacar es la singularidad de la localidad pues está formada por diversos núcleos poblacionales amalgados con el tiempo, en el que destaca Villanueva del Río, el pueblo matriz del actual municipio. La Mina , asentamiento surgido a mediados del siglo XIX en torno a una importante cuenca hullera y el enclave de "El Carbonal", construido para la plantilla de una importante fábrica. También se le ha conocido como Villanueva de las Minas o Minas la Reunión.
Durante la época romana, Villanueva del Rio fue un importante puerto fluvial. Durante la dominación musulmana el territorio quedó despoblado por lo que tras la reconquista se tuvo que construir la villa de nuevo y pasó a denominarse Villanueva. Posteriormente fue feudo del Duque de Alba quedando como testimonio de ello el edificio en ruinas junto a la iglesia de Santiago el Mayor.Su economía se basaba en la agricultura del olivar y la pesca de los albures que subían por el Guadalquivir hasta Alcolea y Lora. Esta situación comienza a cambiar en el siglo XVII al descubrirse las minas de carbón. Felipe III autoriza a que el carbón mineral sea llevado en barcazas hasta Sevilla. En esta zona surgirá un poblado minero y con el tiempo se transformará en la barriada de La Mina y parará a llamarse Villanueva de Las Minas. En el siglo XIX, las minas de la zona adquieren gran importancia y el gobierno del Estado decide atender las peticiones del barrio minero que era el que tenía el poderío econónico y acaba por convertir a este barrio en cabeza del municipio. En 1944 queda registrado en el BOE del 22 de diciembre el cambio del nombre de Villanueva del Río a Villanueva del Río y Minas.
En cuanto a la zona de "El Carbonal" destacar que toma esa denominación a comienzos del siglo XIX cuando se construyó un gran almacén de carbón junto al río Guadalquivir, con objeto de acumular el mineral para su posterior tralado en barcazas carboneras. En 1817 el primer barco de vapor que surco las aguas de dicho río, llamado "Real de San Fernando " y perteneciente a la Compañia de Navegación del Guadalquivir, llevaba carbón de estas minas para las principales fundiciones y fábricas militares de Sevilla. Por último, destacar que la mina seguiría funcionando has 1973, año en que se decretó su cierre pese a las protestas de sus trabajadores.