El Rey Alfonso X conquistó y repobló en 1255 la aldea de Cañebolo, a la que denomina Puebla, y la regala, junto a parte de sus tierras, al infante Don Enrique, por lo que pronto se conocería el lugar como dehesa de la Puebla del Infante, que derivó en el nombre actual.A partir de la Reconquista se tiene constancia del castillo, cuyas ruinas coronan hoy el pueblo. Tras el repartimiento de tierras, La Puebla de los Infantes pasa a depender de Constantina, hasta que en 1472, ante las constantes exigencias que ésta le imponía, los lugareños solicitaron a Sevilla que los apartasen de su jurisdicción.La Puebla sufrió entonces numerosos ataques del Marqués de Medinasidonia, asentado en Constantina, que pretendía asaltar el castillo para recuperar la aldea.En 1654, el rey Felipe IV entregó estas tierras en señorío a su consejero y camarista don Luis Ximénez de Góngora, al que nombró vizconde de La Puebla. Posteriormente, Felipe V elevó el título a marqués. El régimen de señorío subsiste hasta el siglo XIX.En este siglo, de acuerdo con las investigaciones de Paulino González, La Puebla recibe una fuerte inmigración, con motivo de la subasta de los terrenos eclesiásticos con la Desamortización de Mendizábal.

Tras la conquista del valle del Guadalquivir por Fernando III a mediados del s. XIII, el monarca otorga ésta y otras villas a la orden de San Juan del Hospital de Jerusalén, en recompensa por su colaboración en la campaña. La orden repobló toda la zona durante la segunda mitad de dicha centuria.En el siglo XIV, Alfonso XI concedió a Luís Portocarrero el señorío de Hornachuelos, Peñaflor, Posadas y Santaella. Felipe IV vende estas tierras en el siglo XVII a Rodrigo Cañaveral y Cárdenas, quien la vendería a su vez a la marquesa de Almenara. Ësta la cede a Antonio Hiniestrosa, luego marqués de Peñaflor.En el siglo XIX, abolidos los señoríos, dependió jurídicamente de Palma del Río, incluyéndose en la provincia de Córdoba, hasta que en 1814 pasa a formar parte de la provincia de Sevilla.La Constitución de 1812 pone fin al sistema concejil y da paso al Ayuntamiento Constitucional, aunque este cambio no será efectivo hasta la proclamación del Estatuto Real de 1834, tras el breve paréntesis iniciado en 1820 con el pronunciamiento de Riego. En el nuevo sistema, el único alcalde es elegido mediante sufragio directo y restringido.Su población oficial en la actualidad es de 3.930 hs.

Los primeros asentamientos humanos en estas tierras se remontan a los lejanos tiempos de los celtas, que se establecen en un lugar denominado Iporci. Los romanos también dejan su impronta, existiendo numerosos restos que así lo atestiguan, el más importante de los cuales es el puente de piedra sobre el río Galindón, reformado en la Edad Media. Según algunos autores, los romanos fundan sobre el mismo asentamiento anterior la ciudad de Fortuumade o Fortunales, enclavada en terrenos de alto valor estratégico. Otros expertos defienden la existencia en este lugar de la ciudad de Hiporcia, atravesada por la calzada romana que enlazaba Hispalis con Augusta Emerita. Tras el oscuro paso de los visigodos, los árabes son los artífices del progreso local gracias a la explotación de sus minas de plata. También construyen una gran fortaleza, cuyos restos (una de sus torres) aún permanecen en pie. La zona pasa a poder cristiano en el siglo XIII.

En 1594 formaba parte del reino de Sevilla en la Sierra Norte de Sevilla y contaba con 97 vecinos.

Es importante destacar Fray Diego de San Nicolás, santo para la Iglesia católica, más conocido como San Diego de Alcalá. Vistió el hábito franciscano, como hermano lego en la Orden de los Frailes Menores de la Observancia. Fue misionero en Canarias donde llegó a ocupar el puesto de guardián del convento. Fue canonizado por el papa Sixto V en 1588 en la única canonización realizada por la Iglesia católica durante el siglo XVI, ya a finales del mismo. Es considerado patrono de los Hermanos legos franciscanos (no clérigos) por haber sido el primer hermano lego canonizado en la Orden. Su celebración tiene lugar el 13 de noviembre.