Es el hospital más antiguo de la ciudad de Sevilla, cuyos orígenes sitúan algunos historiadores en los momentos de la conquista de Sevilla, cuando el rey Fernando III, para evitar la propagación de la lepra (elefantiásis o mal de san Lázaro) entre sus tropas, dispuso que se acogiese a los afectados en la torre de los Gausines (así denominada por sus constructores árabes, los hermanos Gausines), situada extramuros, al norte de Sevilla y cerca de la zona del actual barrio de la Macarena.

Una vez conquistada la ciudad, Alfonso X dispone establecer una casa de la orden de San Lázaro, para albergar los "grafos, plagados y malatos" del arzobispado y del obispado de Cádiz, otorgándole bienes y privilegios que los sucesivos monarcas irían ampliando, a los que se sumarían concesiones especiales de la santa sede.

Las primeras referencias de una edificación hospitalaria es una provisión del rey Alfonso XI de 1334 sobre los enfermos de este sitio, recogida en traslado de fecha 1574 que cita otras disposiciones de Alfonso X, Sancho IV (1284) y Fernando IV (1302). Este documento se refiere en repetidas ocasiones a la "Casa de San Lázaro" como lugar de residencia de los enfermos de lepra.

En el año 1393 se redactan las primeras reglas del Hospital de San Lázaro, de las que tenemos conocimiento a través de una copia de 1494. En ellas se indica que los enfermos residían en edificaciones dispersas denominadas "casas", que les eran entregadas al ingresar y debían ser conservadas por los propios enfermos. Es de suponer que consecuentemente al uso hospitalario, entendido desde una perspectiva medieval, el hospital siempre habría contado con iglesia o al menos capilla, lo cual se desprende de una de las bulas papales con las que contaba el hospital. La bula concedida en 1479 otorgaba potestad de celebración de los "divinos oficios".

El ordenamiento que regía la fundación establecía la representación del poder real en la figura de un mayoral o administrador, llamado "mampastor", cuya actuación podía verse condicionada por el parecer de los propios enfermos, representados en un cabildo por dos asesores residentes en el propio establecimiento. Había cien bacinadores o demandantes de limosnas en los cien pueblos que contribuían al sostenimiento del hospital. Los cargos solían ser desempeñados por nobles.

El Hospital de San Lázaro se encontraba cerca del Cementerio de San Fernando. El domingo siguiente a la festividad de san Lázaro podían salir los enfermos por el camino que conducía a la ciudad para pedir limosnas.

También existía la costumbre de que cada día pasasen cuatro enfermos a la ciudad a pedir limosnas, cada uno en un caballo, haciendo sonar unas tablillas para anunciar su presencia, pues les estaba prohibido hablar.

Por real orden de 1848 se consideró al lazareto sevillano como un establecimiento benéfico de carácter provincial. En 1854, el mayoral mampastor José Picavea de Lesaca, designado por el rey a través del Consejo de Castilla como principal administrador del lazareto, entregaba los caudales existentes en el mismo a la hospitalidad provincial.

Por la Ley General de Beneficencia de 20 de junio de 1849 desaparecía el patronato real. Las Hijas de la Caridad de San Vicente de Paúl iniciaron su cooperación en 1864, algo más tarde que en los otros establecimientos sevillanos. José María Ibarra, director del hospital gestionó su completa reforma, con la construcción de galerías, salas de descanso, refectorio de mujeres y varias oficinas cuyas obras fueron costeadas por sus hijos en cumplimiento de su testamento.

El personal estaba formado por un médico, un topiquero, varios enfermeros, un capellán y un sacristán. A partir de 1886, el personal administrativo se integra con el de la secretaría de la Diputación Provincial de Sevilla.

En 1972, tras el cierre del Hospital Central, la Diputación transforma al de San Lázaro en un hospital provincial de carácter general, superando su tradicional especialización de forma provisional hasta que se pusiera en funcionamiento el Hospital de Valme, sin embargo, al cederse éste al Instituto Nacional de Previsión, el de San Lázaro se convertiría en el Hospital Provincial Médico Quirúrgico destinado a la atención de enfermos sin recursos, registrados en los padrones municipales de beneficencia y casos similares. Con la ley de integración de los servicios sanitarios de las diputaciones andaluzas en el Servicio Andaluz de Salud pasó a convertirse en 1991 en un nuevo hospital general de la Seguridad Social dependiente de la Junta de Andalucía