Su origen se vincula a la existencia de la denominada “Frontera o banda morisca' con la presencia en él de dos castillos, uno el de El Coronil, construido en el s. XI sobre cimientos romanos y vendido en 1377 por Martín Fernández de Guzmán a Ruy Pérez de Esquivel, adelantado mayor de Andalucía. El otro, el de Las Aguzaderas , de origen árabe, fue donado por Fernando III a la Iglesia de Sevilla, pero ésta lo permutó con Per Afán de Ribera, adelantado de la Frontera, a cambio de ciertas casas en la collación de San Marcos, en Sevilla.

En 1380 Juan I autoriza a Ruy Pérez de Esquivel, Adelantado Mayor de Andalucía, para poblar una colina o corona, luego llamada 'Coronil' . Posteriormente pasaría a la jurisdicción de la Casa de Medinaceli.

Se constituye en municipio y concejo independiente con la abolición de los señoríos jurisdiccionales en 1812. La Constitución de dicho año pone fin al sistema concejil y da paso al Ayuntamiento Constitucional, aunque este cambio no será efectivo hasta la proclamación del Estatuto Real de 1834, tras el breve paréntesis iniciado en 1820 con el pronunciamiento de Riego. En el nuevo sistema, el único alcalde es elegido mediante sufragio directo y restringido.

Su población oficial actual es de 5.024 habitantes (Fuente: INE. Padrón municipal 2011)
(RMR, 2012).

Municipio de reciente creación: Se constituye como Entidad Local Menor dependiente del municipio de Puebla del Rio en el año 1956, consiguiendo la independencia del mismo en 1994. Villafranco del Guadalquivir surge fruto de la colonización de las marismas del Guadalquivir, durante las décadas de años 20 y 30, para su explotación agrícola (monocultivo del arrozal). Después de varios intentos de puesta en marcha de estas explotaciones por parte de una compañía de capital inglés, que ya había efectuado estos trabajos en el Delta del Nilo, ésta pasa a manos españolas que son las que, en definitiva, comienzan el proceso de transformación de la marisma y de colonización de la misma durante la Guerra Civil española se convierte en el principal almacén de arroz en la zona nacional, ya que la zona valenciana estaba en manos de los republicanos. A principios de la década de los 40, el General Queipo de Llano impulsa el desarrollo de esta zona, originándose los poblados de Isla mayor, Alfonso XIII y El Puntal, con los que se constituye la entidad local menor "Villafranco del Guadalquivir", dependiente del Ayuntamiento de La Puebla del Río. Es en estas fechas cuando comienzan a llegar los primeros colonos valencianos, atraídos por las perspectivas de futuro de la zona y por sus conocimientos en la producción de arroz. Este hecho ha tenido una importante trascendencia en la configuración actual del municipio. En 1956 A partir de 1985 se inicia un expediente de segregación del Ayuntamiento de La Puebla del Río, que hará que Villafranco se haga famoso por los continuos encierros y manifestaciones ante la negativa del Gobierno Andaluz de otorgarle el status de municipio, en los términos en que dicha segregación se solicitaba. La segregación llegaría 9 años más tarde, en 1994 y, en el año 2000 cambia su nombre por el de Isla Mayor.