Aunque se conoce que fue fundado por una cofradía, se desconoce la fecha y la identidad de la misma. Su finalidad era la atención e enfermos de calenturas, opilaciones y cámaras. Tenía accesos a las calles Puerco y Pellejería (actuales calles Trajano y Amor de Dios). Con la reducción de hospitales por el cardenal Rodrigo de Castro y Osorio en 1587, se agregaron a éste hospital y al del Espíritu Santo los más de 100 que existían en la ciudad en aquella fecha.

Al del Amor de Dios se le adjudicaron los inmuebles y rentas de 38 de los hospitales reducidos, que se emplearon en la construcción del nuevo edificio terminado treinta años después. El nuevo hospital se destinó a la curación de "toda clase de males agudos, crónicos, epidémicos y estacionales" y también, durante el siglo XVIII, calenturas "tercianas".

Se regía por unas constituciones que no se han conservado, las cuales establecían el patronazgo de los arzobispos de Sevilla. Éstos nombraban, a través de una junta de gobierno, al administrador, de condición eclesiástica, que regía el centro, a un cura segundo, un contador, un veredero, un médico y un cirujano, Había además, nombrados por el administrador, un padre auxiliar, botiller, agente de negocio, un abogado procurador, veedor de obras, maestro de obras, sacristán, boticarios, enfermeros, cocineros y otro personal de los distintos oficios más necesarios para la marcha y mantenimiento del hospital.

El edificio contaba con una capacidad bastante considerable y se considera que fue uno de los hospitales sevillanos que mejor funcionaron en la edad moderna. Contó con médicos de prestigio (los doctores Fernando de Valdés, Saavedra, Pedro Morales...) imbuidos de las corrientes innovadoras que dieron lugar en 1700 a la Regia Sociedad Sevillana de Medicina, Cirugía y Ciencias Naturales.