Con el paso de las competencias benéfico asistenciales a las diputaciones provinciales en 1868, la de Sevilla asume la gestión de, entre otros centros benéficos, la del Hospital del Cardenal, debiendo pasar también a ella sus documentos. Sin embargo, éstos se alojaron primero en lo que fue la sede de la Junta Provincial de Beneficencia, en el Hospital del Pozo Santo; hasta que en 1943 se depositaron en el sótano de la Casa Palacio, sede de la Diputación (Plaza del Triunfo). De aquí pasaron a la iglesia de San Luis, trasladándose después de nuevo a unas dependencias del Hospital de las Cinco Llagas, ya sin uso hospitalario, donde permanecieron hasta el año de 1982, en que la Diputación Provincial adquirió y rehabilitó una casa que había sido la del Hospital de Santa Marta, en la Plaza del Triunfo, a la que se trasladaron todos los fondos de los hospitales para ser custodiados hasta nuestros días por el Servicio de Archivo y Publicaciones integrando lo que se ha conocido como "sección histórica" del Archivo de la Diputación.

En general, hasta 1967 los documentos de los diferentes centros benéficos incorporados a Diputación en el siglo XIX estaban entremezclados entre sí e incluso dispersos por distintos edificios. Ana María Liaño, del cuerpo superior facultativo de archiveros del estado había iniciado poco antes de dicho año la descripción de los fondos. Es también en ese mismo año cuando se crea la plaza de archivero en la Diputación, pero la atención archivística regular a los fondos no se iniciará propiamente hasta 1982. Desde entonces se procede a la acotación de cada fondo documental, a la identificación de cada fondo documental y de sus series, al establecimiento de un modelo de cuadro de clasificación común y a la confección de inventarios e índices, culminando con la edición en 1997 de los instrumentos descriptivos resultantes en una publicación monográfica al efecto.

En noviembre de 1994, se centralizaron todas las oficinas de la Diputación en su actual sede, a la que se trasladaron todos los fondos del archivo; el de la Diputación en junio de 1995 y los de los hospitales y centros benéficos en 1997. Por primera vez estaban reunidos en unos mismos locales todos los fondos del Archivo de la Diputación sevillana, permitiendo optimizar el rendimiento de los medios materiales y humanos.