En 10 de junio de 1253 fue concedida la villa por Alfonso X el sabio a Pelay Correa, maestre de la orden de Santiago, con algunos heredamientos para veinte monteros reales (que constituirían el llamado Barrio de los Monteros). Por las mismas fechas Íñigo López de Horozco adquiriría en el término una extensa propiedad, que tras repoblarla daría origen a la aldea de Gatos.En 1399, Juan Sánchez, contador mayor del rey, adquiere del arzobispado de Sevilla las aldeas de Chilla y Gatos, uniéndolas con el núcleo principal.En 1539, Carlos I obtiene de Clemente VII unas bulas autorizando la separación de la encomienda de Mures de las propiedades de la orden, y permitiendo su venta a Francisco de Zúñiga y Guzmán, duque de Béjar.A mediados del s. XVI las posesiones pasan a Álvaro Manrique de Zúñiga, el constructor del palacio terminado en 1577, para quien crearía Felipe II el marquesado de Villamanrique cambiando la localidad su antigua denominación de Mures por la de 'Villamanrique de Zúñiga'. El nombramiento del marqués como virrey de Nueva España le traslada a México en 1585. El título, el palacio y las posesiones de los Zúñiga pasarían al conde de Altamira, siendo incautados durante la ocupación napoleónica para el patrimonio del estado (13 de marzo de 1810) y devueltos al marquesado en 1813, tras el retorno de Fernando VII, pero la supresión del régimen señorial del municipio, al igual que en toda España, permanece, manteniéndose el régimen de Ayuntamiento inaugurado por la Constitución de 1812, aunque el cambio a Ayuntamiento Constitucional, no será efectivo hasta la proclamación del Estatuto Real de 1834, tras el breve paréntesis iniciado en 1820 con el pronunciamiento de Riego. En el nuevo sistema, el único alcalde es elegido mediante sufragio directo y restringido.En 1841 tiene lugar una amplia enajenación de bienes por parte del conde de Altamira, entre otros el edificio de la actual casa consistorial, adquirido por el Ayuntamiento a tal efecto. En 1850 el conde de Altamira vende al duque de Montpensier la casa palacio y la dehesa de Gatos, volviendo a venderse ésta, junto a la casa molino, en 1877 a Luís Felipe Alberto de Orleans, conde de París, familia que detentaría las posesiones de Villamanrique hasta su paso a manos de la infanta Esperanza de Borbón, princesa de Orleans Braganza, volviendo a renombrarse la localidad, ésta vez como 'Villamanrique de la Condesa', denominación oficial desde junio de 1916 en que tuvo lugar dicho cambio en honor de Isabel Francisca de Orleans y Borbón, condesa de París.

En estas tierras se constata la presencia del hombre desde tiempos remotos, aunque los vestigios arqueológicos más importantes son de época romana. Los árabes fundan una alquería agrícola (Talastar) que poco a poco adquiere mayor importancia. Cuando los cristianos conquistan este territorio en 1248, el rey Fernando III el Santo (en el Repartamiento de Sevilla) se lo concede a la Orden Militar de Santiago. Durante el reinado de Alfonso X el Sabio, la población es denominada Villanueva Aliscar. El primer documento escrito como testimonio de Villanueva, data de 1253. El 28 de febrero de 1253 Alfonso X el Sabio dona a Don Pelay Pérez Correa, maestre de la Orden de Santiago, y a su Orden, la aldea de Villanueva del Aliscar con todas sus pertenencias, salvo losmolinos de aceite que se reservaba el rey, bajo cuyo señorío estuvo hasta el año 1537. El 5 de noviembre de 1334 es la fecha del segundo documento, en orden de antigüedad, que se conserva referente a Villanueva. Mediante este documento descubrimos que el maestre, que por entonces regía la Orden de Santiago Vasco Rodriguez, había cedido la aldea de Villanueva a Doña Elvira, esposa de Don Alfonso Cofre Tenorio, almirante mayor de la mar en el reino castellano, habiéndoselo entregado con todos sus derechos y rentas a cambio de que Doña Elvira poblase la villa con labradores. La cesión se hizo bajo la condició de que , una vez efectuada la repoblación, ella pudiera mantener el señorio del lugar durante todos los días de su vida, debiendo volver con todas las mejoras introducidas en ese tiempo al dominio señorial de la Orden de Santiago una vez que Doña Elvira falleciese. A finales del siglo XIV la Orden de Santiago convierte Villanueva en centro administrativo y judicial de los lugares a la Orden del Aljarafe. La autoridad eclesiástica de Villanueva dependía del Priorato de San Marcos de León. El 22 de diciembre de 1537 se realiza el proceso de la venta del Señorío al Conde de Gelves, convirtiéndose en señorío. En el siglo XVII se le concede a Leonor de Portugal, vizcondesa de Torquemada, el título de Marquesa de Villanueva, que ostenta su familia hasta la abolición de los señorios en el siglo XIX. Los siglos XIX y XX son los que corresponden a los años en que Villanueva pasó a depender de la jurisdicción político-administrativa ordinaria, tanto en lo civil como en lo eclesiástico, ya que también en esta centuria dejó de pertenecer al priorto de San Marcos de León y pasó a la jurisdicción del arzobispado de Sevilla; y en ella ha permanecido incluida hasta nuestros días.