En 1241, Guadalcanal es reconquistada por los caballeros de la Orden de Santiago, quedando bajo su jurisdicción. Guadalcanal se convertiría, así, en un bastión fronterizo de primer orden frente a las pretensiones del concejo sevillano que controló la sierra norte sevillana. La villa fue incorporada, en materia eclesiástica, a la vicaría de Santa María de Tentudía, dependiente del Priorato de San Marcos de León.En la villa, el castillo de la Orden formaba parte del sistema murado, y fue llamado así por ser la morada de los Comendadores de la Orden de Santiago. Estaba situado en lo que actualmente son el Ayuntamiento y el paseo del Palacio.A mediados del siglo XVI se descubren yacimientos de plata, que fueron explotados por la Real Hacienda hasta agotar los filones en el siglo pasado. La principal de estas minas fue la de Pozo Rico. También fueron importantes los yacimientos de cobre, carbón, hierro y barita. De los siglos XVI y XVII tenemos noticias de un importante éxodo a Indias.Por estas fechas, no debemos olvidar la importancia que tuvo la ermita de la Virgen de Guaditoca como lugar de encuentro de una feria que duraba tres días. El santuario está situado en la encrucijada de la compleja red de caminos arrieros y cabañas ganaderas que comunicaban lo que hoy es Extremadura con Andalucía Occidental.En 1833, la división provincial encomendada a Javier de Burgos propicia la inclusión de Guadalcanal en la Provincia de Sevilla, tras haber dependido durante varios siglos, en lo civil y en lo eclesiástico, de Extremadura.A mediados del siglo pasado se segrega del término de Guadalcanal la aldea pedánea de Malcocinado, que ya como municipio independiente pasará a formar parte de la provincia de Badajoz.Aunque el siglo XIX es un siglo de crisis (crisis económica, tránsito de tropas por la localidad a las que el Municipio debía sostener, desamortización que tuvo como consecuencias, entre otras, la expropiación de la mayor parte de los terrenos que constituían sus propios, la desaparición de las cuatro comunidades de religiosas...), también se llevan a cabo una serie de importantes realizaciones: erección de las Casas Consistoriales sobre el solar del palacio de los comendadores de la Orden de Santiago, la ordenación de un espléndido paseo en lo que siempre se conoció por el ejido del Coso, la construcción del Cementerio municipal, la aportación municipal en el tendido y construcción de la línea de ferrocarril, etc.