En 1987, por el Plan de organización y descripción de Archivos Municipales de la Diputación Provincial de Sevilla, tuvo lugar la primera organización del fondo, llevada a cabo por Agustín Pinto Pabón y Mª Pilar Romero Domínguez, quedando ubicado el Archivo Municipal en la planta baja del mismo edificio sede del Ayuntamiento (Plaza Nuestra Señora de La Estrella, nº 1).En 1992, tras las obras de remodelación del Ayuntamiento, se trasladó a un depósito instalado en la primera planta de la Casa de Cultura, en Plaza de España, nº 9. El Pleno del Ayuntamiento aprobó el 16 de enero de 2002 unas 'Normas de funcionamiento del Archivo Municipal' por las que se consolida su adhesión al Plan de organización de Archivos Municipales de la Diputación Provincial de Sevilla. A partir de los nuevos trabajos de incorporación y organización de documentos emprendios entonces, se habilitó un segundo depósito, instalado, de forma poco recomendable, en la primera planta del Ayuntamiento. Hubo que esperar hasta el año 2006, año en que, tras unas obras de reforma de las instalaciones del edificio, se trasladó este segundo depósito a la planta baja. Mejor ubicación para el sistema de estanterías compactas con que está equipado, aunque aún con escasas disponibilidades de espacio.Con fecha 16 de junio de 2010 la Diputación de Sevilla y el Ayuntamiento de Valencina suscribieron un convenio de colaboración para la gestión de los archivos municipales de Ayuntamiento de municipios de menos de 10.000 habitantes.

Al hablar de la historia de Villanueva del Río y Minas lo primero que debemos destacar es la singularidad de la localidad pues está formada por diversos núcleos poblacionales amalgados con el tiempo, en el que destaca Villanueva del Río, el pueblo matriz del actual municipio. La Mina , asentamiento surgido a mediados del siglo XIX en torno a una importante cuenca hullera y el enclave de "El Carbonal", construido para la plantilla de una importante fábrica. También se le ha conocido como Villanueva de las Minas o Minas la Reunión.
Durante la época romana, Villanueva del Rio fue un importante puerto fluvial. Durante la dominación musulmana el territorio quedó despoblado por lo que tras la reconquista se tuvo que construir la villa de nuevo y pasó a denominarse Villanueva. Posteriormente fue feudo del Duque de Alba quedando como testimonio de ello el edificio en ruinas junto a la iglesia de Santiago el Mayor.Su economía se basaba en la agricultura del olivar y la pesca de los albures que subían por el Guadalquivir hasta Alcolea y Lora. Esta situación comienza a cambiar en el siglo XVII al descubrirse las minas de carbón. Felipe III autoriza a que el carbón mineral sea llevado en barcazas hasta Sevilla. En esta zona surgirá un poblado minero y con el tiempo se transformará en la barriada de La Mina y parará a llamarse Villanueva de Las Minas. En el siglo XIX, las minas de la zona adquieren gran importancia y el gobierno del Estado decide atender las peticiones del barrio minero que era el que tenía el poderío econónico y acaba por convertir a este barrio en cabeza del municipio. En 1944 queda registrado en el BOE del 22 de diciembre el cambio del nombre de Villanueva del Río a Villanueva del Río y Minas.
En cuanto a la zona de "El Carbonal" destacar que toma esa denominación a comienzos del siglo XIX cuando se construyó un gran almacén de carbón junto al río Guadalquivir, con objeto de acumular el mineral para su posterior tralado en barcazas carboneras. En 1817 el primer barco de vapor que surco las aguas de dicho río, llamado "Real de San Fernando " y perteneciente a la Compañia de Navegación del Guadalquivir, llevaba carbón de estas minas para las principales fundiciones y fábricas militares de Sevilla. Por último, destacar que la mina seguiría funcionando has 1973, año en que se decretó su cierre pese a las protestas de sus trabajadores.

Su creación se debe a la religiosa franciscana sor Beatriz Jerónima de la Concepción quien, tras llegar a Sevilla en enero de 1666 y caer enferma, trató de conseguir un albergue en el que acogerse con otras mujeres desvalidas. El respaldo por parte de la superiora de la orden, sor Marta de Jesús Carrillo, llevó a la idea de fundar un auténtico hospital que estaría destinado a asistir a mujeres impedidas en cama o ciegas.
Tras conseguir una casa en la calle Venera de Sevilla (hoy calle Jose Gestoso), así como tres camas y un cuadro que representaba a Cristo resucitado, san Francisco y santa Teresa (donaciones de la señora Ana Trujillo) y que Melchor de Escuda, obispo de Bizerta, les concediera una limosna de 50 reales, se creó la institución con el nombre de Hospital del Santísimo Cristo de los Dolores o del Buen Pastor.
Tres años después, la misma señora Trujillo compró para el hospital un edificio en el centro de Sevilla, la plaza del Pozo Santo, donde se alojaría desde entonces hasta nuestros días.
Fallecida la madre Beatriz, sería Marta de Jesús quien completara la fundación formando la comunidad de religiosas, trazando sus reglas, que fueron aprobadas por el arzobispo Espínola, y concluyendo la instalación de las enfermerías e iglesia. Esta fue abierta a los fieles el 18 de enero de 1682 y bendecida el 4 de febrero de 1686 por el prelado Jaime de Palafox y Cardona.
La real orden de 1848, circular de 3 de abril, estableció como establecimientos provinciales el Hospital de las Cinco Llagas y el del Pozo Santo. A pesar de esto, la incorporación a la administración provincial de ambos hospitales no se produciría hasta años más tarde (16 de febrero de 1854, por real orden de 9 de diciembre de 1853), en el que lo harían junto con el de San Lázaro.
Los duques de Montpensier contribuyeron también al mejoramiento del hospital, a menudo visitado por la infanta María Luisa Fernanda y sus hijos para ayudar a las religiosas en el cuidado de las enfermas.
Las religiosas de la orden Tercera de san Francisco estaban a cargo del gobierno del hospital, que sostenía a un médico, practicante, capellán y sacristán.

A partir de 1886, el personal administrativo del centro se fusiona con el de la secretaría de la Diputación Provincial de Sevilla.